并没有好转，因为城内的疫病像野火般地蔓延开了。被日军赶进城的那两万多平民中约有五千人在入城前就已经感染细菌，入城后，因为南京军无力进行全面的救治，也来不及对这两万多人进行全面的体检以甄别，感染者是随机的，两万多人都被隔离，健康者和感染者混杂在一起，导致疫病迅速传播，因为这两万多人基本上是老弱妇孺，体质较差、抵抗力较弱，所以疫病蔓延速度非常快，短短两天后就有一万多人病倒，经初步检查，日军使用的细菌主要是霍乱、伤寒、鼠疫、肺结核这四种，感染者的症状无不惨不忍睹。《中华英雄报》报道：“因为战时紧急，部队无法向感染者和疑似感染者提供最好的医疗条件，只能尽力而为。南京军的部队、设备、部门、场所都已实现了地下化，但这些感染者和疑似感染者却不能被送入地下室或防空洞内，因为空气不畅、通风不佳会导致病患病情加剧恶化，感染者之间也会因空间狭小、空气污浊、喷嚏飞沫、脓血体液而出现交叉感染，部队因此而把感染者和疑似感染者都安置在地表上，划出几大片居民区作为隔离区，所有隔离区都竖起醒目的红十字旗，墙壁画上粗大的红十字标志并写上‘传染病隔离区’‘严禁入内’等字样。记者穿上防护服后入内查看，场景令人毛骨悚然，刺鼻的血腥味、腥臭味、粪便秽物的恶臭、汗臭、体臭等各种浓烈的异味一起扑面而来，满耳是呻吟声、哭泣声、呼救声、疼痛叫喊声，奄奄一息的病患者犹如垂死干尸般僵卧着，眼睛黯淡无光。感染霍乱者，剧烈地呕吐、腹泻，不停地拉出稀黄色的、腥臭的粪便和血水，重度感染者神志不清、血压下降，还伴随着严重脱水的症状，以至于眼窝深陷、声音嘶哑，皮肤干燥皱缩、腹部凹陷，口干舌燥、四肢冰凉，肌肉痉挛抽搐；感染伤寒者全身乏力、不愿进食、咽喉肿痛、咳嗽不止、浑身发热，伴随着肠胃内出血等症状；感染鼠疫者高烧头痛、胸闷酸疼、恶心呕吐、皮肤淤瘢出血，浑身溃烂，死者浑身呈现出令人恐惧的黑紫色，这也是鼠疫又被称为‘黑死病’的原因；感染肺结核者，低热盗汗、乏力消瘦，剧烈地咳嗽、咳痰、咳血，呼吸困难，发出一阵阵生不如死的闷嚎声。”

　　南京军虽然极度想要救治感染疫病的平民同胞，但因为青霉素等药物十分宝贵，不得不采取了一定的“节制手段”。所有感染者和疑似感染者都被严格隔离，隔离区内用石灰进行反复消毒，每个隔离区外都设立一个露天火葬场，已死亡的感染者的遗体被集中统一焚烧掉，所有感染者和疑似感染者的随身物品也全部烧掉，同时再发动民兵和民工，全城捕杀

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